Od 15 listopada 2008 r. obowiązuje nowa Ustawa o udostępnianiu informacji o środowisku i jego ochronie, udziale społeczeństwa w ochronie środowiska oraz o ocenach oddziaływania na środowisko z dn. 03.10.2008 r. (Dz. U. Nr 199, poz. 1227). Ustawa nowelizuje m.in. przepisy o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym, prawa budowlanego, wodnego, ochrony środowiska oraz o ochronie przyrody. Zmienione zostały zasady postępowania w sprawie oceny oddziaływania na środowisko planowanych przedsięwzięć budowlanych.
W związku z wejściem w życie w/w Ustawy orgnem odpowiedzialnym za monitorowanie obszarów Natura 2000 stał się właściwy regionalny dyrektor ochrony środowiska. W konsekwencji powyższej zmiany, organem właściwym do wydania zaświadczenia organu odpowiedzialnego za monitorowanie obszarów Natura 2000, którego wzór stanowi załącznik 1b do Wytycznych Ministra Rozwoju Regionalnego z 3 czerwca 2008 r. w zakresie postępowania w sprawie oceny oddziaływania na środowisko dla przedsięwzięć współfinansowanych z krajowych lub regionalnych programów operacyjnych stał się regionalny dyrektor ochrony środowiska, który zastąpi działających do tej pory w tym zakresie wojewodę lub dyrektora urzędu morskiego. Zaświadczenia wydane na podstawie wniosków złożonych przez beneficjentów przed dniem wejścia w życie Ustawy z 3 października 2008 r. o udostępnianiu informacji o środowisku i jego ochronie, udziale społeczeństwa w ochronie środowiska oraz o ocenach oddziaływania na środowisko zachowują swoją moc.